NaClO溶液的灭菌原理是通过水解形成的次氯酸，次氯酸再进一步分解就形成了新生态的氧，新生态氧的极强氧化性使得菌体与病毒的蛋白质发生变性，从而使病源微生物发生致死。消毒的原理是以产生出次氯酸的方式实现的。次同氨可以发生反应，在水中生成微量的氯氨化合物，但这种物质是比较安全的杀生药剂，远不及NaClO的实际杀菌能力。
次液体投入水中，瞬时水解形成次氯酸和次氯酸根，因次氯酸是很小的中性分子，不带电荷，能迅速扩散到带负电的菌(病毒)体表面，并通过细菌的细胞壁，穿透到细菌内，次氯酸极强氧化性破坏了菌体和病毒上的蛋白质等酶系统；从而病原微生物。微酸性次溶液( 次氯酸杀菌水) 具有杀菌能力强，稳定性高，生成方式简便易行，对于金属材料的腐蚀性很微弱等特点。此外，低浓度微酸性次溶液不具有毒性，在有人员操作的场合也可以进行，排放后对环境无污染，是一种廉价、安全的绿色杀菌消毒剂。
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